대구병원마케팅 특별검사는 최장 170일의 수사기간은 물론, 기소를 전제로 최종심 공소 유지까지 수년 동안 수고를 감수해야 하기에 적임자를 찾는 데 걸림돌로 작용할 수 있다는 관측도 나온다. 변호사의 경우 특검 임기가 끝날 때까지 변호사 겸업이 금지되는 점 역시 고려해야 한다. 한편 특검에 파견될 대규모 검찰 인력 차출로 인한 일선 검찰 업무 차질 가능성도 제기된다. 이번 3대 특검에 파견될 검사는 총 120명으로 전체 검사의 약 6%, 평검사 기준으로는 약 10%에 이른다. 대규모 차출로 인한 업무 공백과 각종 민생 사건 처리 지연이 불가피할 것이라는 지적이 인다. 이종석 국가정보원장 후보자가 "본인은 젊은 시절부터 단 한 번도 북한에 정통성이 있다는 식의 발언을 하거나 논문을 작성한 적이 없다"고 밝혔다.