아산필라테스 처음에는 부산·울산·경남의 전략산업인 조선 자동차 항공·우주 에너지 생명분야 등을 주제로 전시관을 구성하려 했다. 그러나 2013년 4월 26일 제2차 전시설계자문회의에서 미래창조과학부의 과학관추진단이 ‘기초과학 원리’ ‘응용기술’ ‘미래 융·복합’으로 바꾸자는 안을 내놓으며 새 국면을 맞았다. 이는 ‘과학산업관’이라는 기존 주제와는 상관 없이 물질과 운동, 지구순환과 수송의 세계, 동력추진과 저항 등 국내외 과학관에 이미 있는 전시물과 중복됐다. 당시 지역 핵심산업을 중심으로 한 ‘과학산업관’이라는 콘셉트는 수년간 외국과학관을 벤치마킹하고 관련 전문가들과 함께 만들어 2006년 과학관 유치 서명운동 때부터 유지해온 것이었다. 시와 지역 정치권, 부산과학기술협의회는 미래창조과학부 장관에게 ‘과학관 전시 주제를 원안대로 동남권 주력산업 중심으로 변경할 것’을 건의한 끝에 2013년 8월 1일 내부 설계운영 방안에 부산의 요구사항이 대폭 수용됐다. 이후 2015년 7월 6일 이영활(전 부산시 경제부시장) 부산외국어대 석좌교수가 국립부산과학관의 초대관장 겸 이사장에 선임됐으며, 같은 달 법인이 설립됐다. 2015년 9월 국립부산과학관의 첫 번째 공채 직원 25명이 임용됐으며, 그해 12월 11일 개관을 확정지었다.